Op het moment dat een wetenschapper iets als fundamentalisme bestempeld is dat niet neutraal. Het etiket fundamentalist gaat immers vaak gepaard met negatieve vooroordelen, aldus Nora Kindermann. Dat betekent niet dat we het begrip niet meer moeten gebruiken, aldus Rik Peels. Fundamentalisme kan dan een betwist begrip zijn, het is vooral zaak om het zo duidelijk mogelijk te definiëren. Wat voor fundamentalisme geldt is gaat ook op voor het begrip terrorisme. Mensen die een monotheïstische religie aanhangen zijn vatbaar voor terrorisme, zo betoogt Paul Cliteur. Monotheïsme bevat immers aanknopingspunten voor terrorisme. Diametraal daartegenover staat de stellingname van Govert Buijs: het populaire betoog dat monotheïsme leidt tot geweld rammelt aan alle kanten en hangt sterk samen met de neiging en behoefte
